Pues verás, ocurría que por el orden en el que estaba colocado el código y al estar maquetada con tablas (ya me estoy pasando poco a poco a los divs) pues en muchas secciones cargaba primero el menú de la izquierda, pero luego si el contenido de la derecha era más largo que el tamaño del menú se descuadraba y dejaba un hueco negro en el menú de la izquierda, justo debajo de donde acaba el "pergamino"...
Ese fallo y muchos similares, ya que si primero cargaban unas zonas a una longitud, y luego otras zonas eran de mayor longitud pues lo descuadraban todo, de este modo cuando está todo cargado aparece y no se descuadra nada.