1) Ubuntu instala el Grub en /boot, por defecto en la misma partición que está ubuntu (/). Si te cargas la partición de ubuntu -> te cargas los archivos del boot loader -> te has quedado sin gestor de arranque.
Solución: Restaurar el gestor de arranque. Si no se vuelve a instalar un Linux posiblemente se querrá el de Windows. De memoria creo que eran FIXBOOT y FIXMBR desde la consola del CD de Windows (para más info -> google)
2) Ubuntu no toca las particiones de Windows, po rlo que no tiene sentido a no ser que hayas realizado alguna instalación de estas guarras en plan "instala Ubuntu desde el propio Windows". Supongo que si es algo de esto simplemente el gestor de arranque estará dentro de esa carpeta. Volvemos a lo mismo, te cargas la carpeta te has cargado el gestor de arranque. Hay que repararlo.