Lo normal en esos casos es hacer dos particiones una para windows y otra para linux, como bien ha dicho #2 pero... a veces nos apetece instalarlo cuando ya tenemos el disco duro con una particion y con informacion q no siempre queremos perder...
Hay un programita q se llama "Partition magic" el cual es bastante util, puesto q es capaz de hacer todo tipo de particiones.
Si tienes windows y quieres instalar linux q es el caso mas comun... Lo primero q tienes q hacer es un scandisk para comprobar el estado de tu disco duro, luego un defrag para ordenar la informacion y despues con el "partition-magic" podras comprobar hasta donde ocupa la informacion de tu disco duro, ver el espacio libre... y poderlo formatear (solo el espacio libre) para instalar linux o cualquier otra cosa, manteniendo lo q ya tenias.
De todas formas a veces windows no llena correctamente las unidades asik lo mejor es formatear, pero weno de todas formas ahi queda eso