La base es la lógica y la observación para poder llegar a las evidencias como parte final.
Te corrijo. "La base (del método científico) es la observación de la evidencia, para poder llegar a la aceptación o refutación de la teoría, previamente enunciada, como parte final."
La evidencia nunca es el escalón final en el método científico, tu partes de ella. La utilizas como fuente para aceptar o refutar tu teoría. No hay teoría científica que no esté fundamentada en la evidencia.
Luego si no hay evidencia de algo lo más seguro es que no exista, pues si la hubiese existirían teorías para intentar explicarla. La verdad es que no hay ninguna teoría sobre la existencia de dios a parte de credos o muestras de fe.
La ciencia siempre va del mismo modo. No se "inventa" algo y luego se pone a prueba. Se "tiene" algo y se pone a prueba. Otra cosa es que nuestro atraso tecnológico nos oculte evidencia que no somos capaces de percibir con nuestros sentidos, pero en tal caso, siempre suponemos que no existe hasta que no hay evidencia de que exista y estas hipótesis nunca pasan de hipótesis hasta que no hay evidencia.
¿Por qué dios es diferente y tenemos que partir ya con una teoría y desmentir su existencia?
Parece que tanta lógica filosófica, te hace olvidar algunas premisas fundamentales de la ciencia.
Esto es así, tanto para las evidencias más básicas y antiguas: fósiles vs evolución, que las cosas caigan y la gravedad, etc. Como para las evidencias en las cuales tenemos la evidencia matemática como base de alguna partícula y simplemente no tenemos tecnología capaz para capturarla y confirmarla, pero ya teníamos evidencia matemática.
La humanidad se ha pasado miles de años sin tener evidencias de cosas que existen.
Perdona pero no. Precisamente le humanidad se ha inventado dioses porque han tenido evidencia y la explicación que le han dado ha sido la primera teoría que se les ocurrió. El método científico está ahí precisamente para refutar teorías absurdas que no se basen en la evidencia, como la de dios.
De las cosas que no hemos sabido que existían, no ha hecho falta inventarse ninguna hipótesis para explicarla pues la desconocíamos de bien principio y se daba por echo que no existían.
¿Para qué quiere nadie explicar algo que no existe? ¿Cómo puede alguien explicar algo que no sabe ni que existe? Es absurdo.
Una vez tienes la evidencia de que existe, buscas la hipótesis y la pones a prueba.