La dimensión de Akane existe, igual que existe el Computer World es donde transcurre la mayor parte de Girdman the Hyper Agent.
Akane de alguna forma acaba conectandose al Hyperworld (las realidades paralelas que habita Gridman), pero en su dimensión original no hay nada (son solo los cubos). Entonces es cuando Alexis, otro criminal del Hyperworld como Khan (aunque parece que bastante más poderoso) se percata de la existencia de Akane y se ofrece a ayudarla a 'arreglar' su mundo usando Kaijus.
Gridman como agente del Hyperworld se perpecata de esto y se adentra en esa dimensión para derrotar a Alexis, restaurar el mundo y ayudar a Akane (igual que libera a Takeshi en el Gridman original) pero es emboscado o derrotado directamente por Alexis y partido en 6 fragmentos (Junk/Gridman, los Neon Genesis y el fragmento que posee a Yuta). Ni Gridman ni Alexis tienen nada que ver con Akane, son seres que viene del 'exterior'.
Los que son parte de Akane son el resto de humanos. De hecho al final se ve que Rikka está basada en la Akane real: su habitación es muy parecida y su cuerpo es básicamente el mismo. Posiblemente incluso su relación con Yuta este basada en lo que percibía Akane. Realmente cuando los protagonistas ayudan a Akane a 'despertar', es Akane aceptandose a sí misma. Hay metáforas, pero el mundo existe.
La niña Kaiju es una descendiente o parte de Anosillus, que es un Kaiju al que Gridman y Yuka ayudan en la serie original, liberandole del control mental. Por eso al final de la serie cuando Anti dice que él paga sus deudas, ella responde "mi familia también", y se ve al Anosillus original sobre el bosque al fondo de la escena.
La serie es una secuela de Gridman, sin saber nada sobre la trama del original se pierden todas las referencias y muchas cosas no tienen sentido.