Veamos....
Por una parte como dice Alex mandan los Mhz...
Entonces tenemos un Q6600 con 4 cores pero 2.4 Ghz y un Q8400 con 2 cores pero 3 Ghz esto hablando de serie....
Que pasa si tenemos un Q6600 a 3 Ghz y lo copáramos a un Q8400 a 3Ghz ? Que como dice Alex rendirá igual o mas el Q6600,sobre todo en juegos preparados para multicores como el Supreme Commander ganará por goleada el Q6600.
Ahora... si vas a hacer overclocking... el E8400 sube mas que el Q6600 puesto que son 2 cores(mas fácil que salgan 2 cores mejores y que suban mas) y por que es de 45 nm... por lo tanto si lo subes a mas Mhz en esos juegos q no están capacitados para utilizar 4 cores pues funcionará mejor(q son el 80% hoy en día)
Si vas a hacer overclocking medio y no vas a poner un E8400 a mas de 3600(por poner un ejemplo) y el Q6600 pues lo mismo quizá te seria mejor un Q6600 puesto que vas a tener la misma potencia en Mhz(3.6 Ghz) pero ademas 2 cores extras en los que los juegos preparados para 4 nucleos funcionaran mejor. Pero también hay q tener en cuenta que en el Q6600 para subirlo a 3.6 Ghz te será mas difícil,mas caliente y mas voltaje....
Si no eres de los que cambia de pc cada 6 meses quizá un Q6600 seria mejor opción puesto que se supone que contra mas pase el tiempo los juegos saldrán optimizados para 4 nucleos...
En principio esto son los puntos que habría que tener en cuenta para decidir entre los dos micros... Ya depende de cada uno y lo que vaya a hacer con el como habéis visto a si que no hay una decisión clara y concisa...Depende de cada uno... Ninguno es mejor que otro a mi entender y depende del uso que le vayas a dar.
Saludos y espero que sea de ayuda.