No. Por lo general solo se formatea la partición del SO (para eliminarlo, junto con todos sus datos, y empezar de 0). El resto de particiones se quedan intactas, por hacerte un símil, es como si la segunda partición fuera un pendrive muy grande. Es obvio que tu formateas tu PC y despues no te cargas la información de tus pen drive, DVD-R, etc.
Pero igualmente no pillo el lío que intentas explicar en tu mensaje. Si quieres formatear todo si tendrías que formatear C y después D (o al revés), pero no tiene lógica formatear D (o la letra que te salga) ya que no tiene el SO y guardarás archivos, por ejemplo las fotos de las vacaciones, mp3, las descargas del emule, etc.
El instalador de Windows, si lo has usado alguna vez para formatear (que según parece en #1 si, y es donde te ha pasado esto, a saber que has tocado xD) te sale toda la mierda de letras, contratos, etc. y llega al punto de "Donde quiere instalar Windows" dándote las particiones actuales y cosas para poder crear nuevas. Seleccionas C, te dirá que ya existe una copia de Windows, le dices que se calle y continue y te dirá si quieres formatearlo, le dices que si (te dará opciones de rápido, lento) y ya está -.-
Es el mismo proceso pero esta vez que te da a elegir entre C y D, pero sigues eligiendo C y no hay ninguna variación.
El formateará C y una vez acabe el formato instalará Windows en C, de nuevo, por lo que no cambia nada (y obviamente todas las demás siguen intactas)